הלימודים מתחלקים ללימודי ליבה בחקר הדתות המשותפים לכלל תלמידי הבוגר של החוג, וללימודי התמחות באשכול הנבחר על ידי כל תלמיד לפי עניין ורצון (יהדות / נצרות / אסלאם / דתות אסיה). במסגרת הלימודים קיים דגש על הכרת הדתות בימינו ובמקומותינו, כולל תכנית סיורים בקהילות דתיות בירושלים ועידוד לתלמידי החוג להשתתף בסדנה המובילה למחקר שדה בקהילה דתית. קיימת גם אפשרות לשלב לימוד שפת מקורות במסגרת לימודי בוגר המעמיק את חווית הלימוד ומאפשר התמחות נוספת בתחום.
למידע מפורט על סדר הלימודים בחוג לחצו כאן (PDF). (הקובץ רלוונטי למי שהחלו את לימודיהם בשנת תשע"ז. לצפייה בשנתונים משנים קודמות לחצו כאן, בחרו את השנה הרלוונטית בראש הדף ואחר כך לחצו על כפתור "צפייה בפרק" בשורה מדע הדתות).