הלימודים מתחלקים ללימודי ליבה בחקר הדתות המשותפים לכלל תלמידי הבוגר של החוג, וללימודי התמחות באשכול הנבחר על ידי כל תלמיד לפי עניין ורצון (יהדות / נצרות / אסלאם / דתות אסיה). במסגרת הלימודים קיים דגש על הכרת הדתות בימינו ובמקומותינו,  כולל תכנית סיורים בקהילות דתיות בירושלים ועידוד לתלמידי החוג להשתתף בסדנה המובילה למחקר שדה בקהילה דתית. קיימת גם אפשרות לשלב לימוד שפת מקורות במסגרת לימודי בוגר המעמיק את חווית הלימוד ומאפשר התמחות נוספת בתחום.

לימודי תואר שני מאפשרים לתלמיד להעמיק את ידיעותיו במסורת דתית בה הוא מתמחה יחד עם העשרת המפגש עם הפן המתודולוגי ותיאורטי של חקר הדתות, וזאת תוך חשיפה למורים ותחומים מחוגים אחרים. תלמידים בעלי הישגים נאותים ורקע מתאים (כולל שפת מקורות) יוזמנו ללמוד במסלול המחקרי ולסיים את התואר בכתיבת עבודה סמינריונית מורחבת המכשירה אותם למחקר מתקדם.